东京峰会召开在即，为了确保会议顺利进行，日本警方出动约两万名警力对位于东京湾的超大设施“海洋边缘”进行安保工作。可就在严密的防控下，此地已然发生了爆炸案。令柯南（高山南 配音）等人始料未及的是，现场居然留下了对毛利小五郎（小山力也 配音）极其不利的证据。在此之后，小五郎 遭到逮捕。柯南则发现安室透曾出现在爆炸现场，并且负了伤。为了还毛利叔叔的清白，柯南和阿笠博士以及少年侦探团的小伙伴们联合起来勘察现场，搜集证据。随着调查的深入，柯南发现这起爆炸案隐藏着包括恐怖分子、公安在内多方的复杂关系，而真相更令所有人

由于阿笠博士家的浴室出了故障，江户川柯南（高山南 配音）随同小兰（山崎和佳奈 配音）、灰原哀（林原惠美 饰）一同去大众浴池洗澡。期间柯南不小心滑倒撞到头部，随后被两名神秘的陌生人带走。一番混乱后，天才诈欺师娜娜（深见梨加 配音）和神秘杀手近藤（香川照之 配音）将失去记忆的柯南带到某处隐蔽的别墅，并伪装成他的父母，而追踪近藤他们的阿笠博士和灰原则遭遇严重车祸。娜娜所属的某个犯罪团伙似乎打算利用制造一起炸弹恐怖袭击。与此同时，供职于某杂志的编辑水岛早苗（广末凉子 配音）怀疑丈夫近藤有外遇，而找到毛利小五郎调查

近未来，人类科技空前进步。与此同时，邪恶也在世界范围内肆意蔓延。拥有优秀科学家团队和先进机械研发技术的机械皇帝妄图称霸世界。他建立起一个庞大的机器王国，下面的战士配有名为“B'T”高智能机器人。凭借于此，机械王国所向披靡，无往不利。在机械皇帝之下另有四个地位尊贵显赫的四灵将，四灵将之一华莲偶然得知机械皇帝的真面目，于是带着她的B'T逃脱，最终她隐居在神居岛，担任少年铁兵的教练。　　5年后，铁兵的兄长——天才机械科学家钢太郎在某国的机械博览会上遭到机械皇帝的绑