东京峰会召开在即，为了确保会议顺利进行，日本警方出动约两万名警力对位于东京湾的超大设施“海洋边缘”进行安保工作。可就在严密的防控下，此地已然发生了爆炸案。令柯南（高山南 配音）等人始料未及的是，现场居然留下了对毛利小五郎（小山力也 配音）极其不利的证据。在此之后，小五郎 遭到逮捕。柯南则发现安室透曾出现在爆炸现场，并且负了伤。为了还毛利叔叔的清白，柯南和阿笠博士以及少年侦探团的小伙伴们联合起来勘察现场，搜集证据。随着调查的深入，柯南发现这起爆炸案隐藏着包括恐怖分子、公安在内多方的复杂关系，而真相更令所有人

为了寻找外公乔瑟夫的私生子，空条承太郎（小野大辅 配音）来到了杜王町，名为东方仗助（小野友树 配音）的高中一年级男生正是空条承太郎要寻找的人，让承太郎没有想到的是，东方仗助拥有着和自己一样的“替身”能力。　　身材矮小但拥有强大意志力的广濑康一（梶裕贵 配音），大脑一根筋但对待朋友忠诚不二的虹村亿泰（高木涉 配音），自大而又偏执的人气漫画家岸边露伴（樱井孝宏 配音），围绕在东方仗助身边的，是这些有趣而又强大的朋友和队友们，与此同时，越来越多的替身使者亦接连浮出水面。当罪恶的魔爪伸向杜王町之时，东方仗助愿意以

在“神化”时代的东京，充斥着无数的英雄——“超人”。　　他们的诞生理由各有不同。　　既有被邪恶组织改造的人，也有来自宇宙的人。　　既有来自魔法世界的人，也有来自古代、身为妖怪而生的人。　　既有被科学家制造出来的机器人，也有超自然的史前机器人。　　对于这些超人的跋扈，日本政府绝不打算坐视不管——

小泽晴香（藤村歩）是一个个性独立坚强的少女，可是外表开朗的她却隐藏了一段不为人知的悲惨过去，终日被愧疚之情困扰的她，在某一天敲开了改变她命运的大门。在电影研究会中，晴香遇见了谜一般的男子齐藤八云（小野大辅 配音），黑发赤眼的他便是传说中左眼能够看到死灵的灵能力者。在八云的帮助下，一直以来为了姐姐的死而自责的晴香被治愈了，同时，八云古怪的作风和善良的内心也渐渐吸引了她的注意。　　在校园中，发生着各种各样的自然科学无法解释的灵异事件，凭借着八云的特殊能力，晴香和八云开始逐个的揭露其真相。而在破案的过程中，八云